Antigamente os mortos eram sepultados nas igrejas ou nos respectivos adros.

Depois veio uma lei que proibia os enterramentos nas igrejas e o povo revoltou-se dando origem ao popular movimento da «Maria da Fonte».

Por causa disso, o povo de Prado, em 15 de Abril de 1864, assaltou os Paços do Concelho, no Lugar da Vila, e queimou os arquivos.

O cemitério mesmo assim foi inaugurado em 1868, mas só em 01 de Agosto de 1870 foi nele sepultado o primeiro cadáver, o de uma criança, contra a vontade do povo. O Regimento de Infantaria 8, da cidade de Braga, teve necessidade de intervir com violência morrendo soldados e civis nessa contenda. Entretanto, os ânimos serenaram, todos os cadáveres passaram a ser sepultados no actual cemitério.

No lugar e centro do cemitério havia uma pequena capela, cujo orago era S. Sebastião. O Comendador Sousa Lima e seu irmão José construíram uma nova capela de grandes dimensões, no lugar onde hoje se encontra. Começou a ser ampliado em 1979.